ときは戦(zhan)國時代(せんごくじだい)。 先(xian)祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(zhe)(にんじゃ)の傢に生まれた 亂太(tai)郎(らんたろう)は、一(yi)流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍(ren)術學(xue)園(にんじゅつがくえん)に入學(にゅうがく)。
　　そこには堺(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(qin)(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。
　　忍術學園のせいとは忍者のたまご、『忍(ren)たま』とよばれる。 忍術(shu)學園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 學園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(sheng)(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手(shou)ごわい「くの一教室(shi)(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！