ときは戦國時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の傢に生まれた 亂太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術學園(にんじゅつがくえん)に入(ru)學(xue)(にゅうがく)。
　　そこには堺(さかい)の豪(hao)商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。
　　忍術(shu)學園のせいとは忍(ren)者のたまご、『忍(ren)たま』とよばれる。 忍術學園には、ナゾの天才(てんさい)忍(ren)者だった 學園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級(ji)生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子(zi)たちや 忍犬(quan)(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！