ときは戦國時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍(ren)者(にんじゃ)の傢に生まれた 亂太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術學園(にんじゅつがくえん)に入學(にゅうがく)。
　　そこには堺(jie)(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸(wan)がいた。
　　忍術學園のせいとは忍者のたまご、『忍(ren)たま』とよばれる。 忍術學園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 學園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！