ときは戦國時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の傢(jia)に生まれた 亂太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(qin)(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術學園(にんじゅつがくえん)に入學(にゅうがく)。
　　そこには堺(さかい)の豪商(shang)(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸(wan)がいた。
　　忍術學園(yuan)のせいとは忍者(zhe)のたまご、『忍(ren)たま』とよばれる。 忍術學園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 學園(yuan)長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手(shou)ごわい「くの一教室(shi)(きょうしつ)」の女(nv)の子たちや 忍犬(quan)(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！