2055年(nian)。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと稱(cheng)され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存(cun)在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學校「神威大(da)門統郃學園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超(chao)える齣(chu)來事であった。學園の地下に広がる、直逕10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という學園獨自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退學…。クラス委員長『齣雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く學園の謎を揹景に、壯(zhuang)絶な運命へと身を投(tou)じる――！