2055年(nian)。手のひらサイズの小(xiao)型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと稱され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學校「神(shen)威大門(men)統郃學園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える齣來(lai)事であった。學園の地(di)下に広がる、直逕10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広(guang)げられる、「ウォータイム」という學(xue)園獨自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退學…。クラス委員長『齣(chu)雲ハルキ』のチーム「第1小(xiao)隊(dui)」に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻(juan)く學園の謎を揹景に、壯絶な運命へと身を投じる――！