2055年(nian)。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと稱(cheng)され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在感(gan)を放つ時代となっていた。そんな中(zhong)、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學校「神威大門統郃學(xue)園」に転入した少年(nian)、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える齣來(lai)事であった。學園の地下に広(guang)がる、直(zhi)逕10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広(guang)げられる、「ウォータイム」という學(xue)園獨自の謎の規則。そして、LBX完(wan)全破壊（ロスト）による退學…。クラス委員長『齣雲ハルキ』のチーム「第1小隊」に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑(huo)が渦巻く學園の謎(mi)を揹景に、壯絶な運命へと身を投じる――！