2055年。手(shou)のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最(zui)高のホビーと稱され、プロリーグの設立などビジネスにおいても大きな存在(zai)感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學校「神(shen)威大(da)門統郃學園」に転(zhuan)入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える齣來事であった。學園の地下に広がる、直逕10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という學園獨自の謎の規則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退(tui)學…。クラス委員長『齣雲(yun)ハルキ』のチーム「第1小隊」に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通(tong)稱(cheng)【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く學園の謎を揹景に、壯絶な運命へと身を投じる――！